动物界最高等的一门动物，也是其发展得最成功的一类之一。其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂（即脊索动物门的三大特征）包括尾索动物、头索动物和脊椎动物。除去以上主要特征外，脊索动物还具有一些次要的特征：密闭式的循环系统（尾索动物除外）,心脏如存在，总是位于消化管的腹面；肛后尾，即位于肛门后方的尾，存在于生活史的某一阶段或终生存在；具有胚层形成的内骨胳。至于后口、两侧对称、三胚层、真体腔和分节性等特征则是某些无脊椎动物也具有的。
脊索动物门是动物界最高等的一门。共同特征是：具有脊索；具有背神经管；具有咽鳃裂等。已知约7万多种，现生的种类有4万多种，分3个亚门：尾索动物亚门Urochorda如异体住囊虫Oikopleura dioica、柄海鞘Styela clava；头索动物亚门Cephalochordata如文昌鱼Branchiostoma belcheri；脊椎动物亚门Vertebrata，为此门最重要和最多的类群，包括圆口纲Cyclostomata、软骨鱼纲Chondrichthyes、硬骨鱼纲Osteichthyes、两栖纲Amphibia、爬行纲Reptilia、鸟纲Aves和哺乳纲